雾雨魔理沙的魔导书竟被付之一炬？博丽巫女的神社遭遇入侵、永琳的新药成果离奇失窃...一切疑点都指向一位叫“咲川”的神秘人。博丽灵梦决定前往探明真相，却发现天邪鬼也参与其中。为了幻想乡的安宁，灵梦和魔理沙将亲自解决这场异变，这次，他们将得到魔界教授李文亚的鼎力相助！