皇太极的死因至今扑朔迷离，《清太宗实录》记载他是无疾而终，五十二岁时在夜间突然去世，死前没有任何征兆，还在忙着处理政务，就寝前都还在召见蒙古贵族，结果“是夜亥刻，上无疾，端坐而崩，上在位十有七年，寿五十有二。”
《清史稿》对皇太极死因的记载亦很模糊，“庚午（初九日），上御崇政殿。是夕，亥时，无疾崩”，意思是没有病，突然就死了。
生老病死是人的正常现象，死因无非老死、病死、被害而死，终究要有一个说法，《清太宗实录》和《清史稿》只说他是“无疾崩”，却不交代他具体的死因，这就是史家有难言之隐，不敢说。
清太宗皇太极不明不白的死去，其实是被多尔衮和大玉儿合谋害死的。这种传闻也不是现在才有的，清代已经有这种说法，很可能是多尔衮在当上摄政王以后满汉民间就有这种说法，并且一直在暗中流传。到了民国以后，前清的废帝溥仪驱逐上千名太监出宫，这些出宫的太监就把宫中一代又一代老太监和宫女传下来的秘闻在民间到处乱讲，讲出了一个大玉儿和多尔衮通奸，皇太极突然来到大玉儿寝宫，多尔衮慌忙躲在床下，大玉儿害怕奸情暴露，也不愿再过这种提心吊胆的生活，三十岁的她想和多尔衮做长久夫妻，而且她恨皇太极，因为皇太极曾经用她来色诱洪承畴降清，根本就没有顾及到她的人格和尊严，所以大玉儿就在床上对皇太极百般挑逗和曲意奉迎，诱使皇太极和她连续交媾多次，在皇太极精疲力竭入睡后，大玉儿使尽全身力气，捏碎了皇太极的睾丸，龙御由此宾天。躲在床下的多尔衮还害怕皇太极未死，又爬上床来用被子死死捂住皇太极的口鼻。皇太极死后，没有人想到要检查他的睾丸是否完整，所以结论只能是“无疾崩”。
这段传说，金庸后来在《碧血剑》第14章《剑光崇政殿，烛影昭阳宫》中加以了人道主义的改编，说成是袁承志亲眼看到皇太极在庄妃的寝宫被来不及逃走的多尔衮杀死。被自己的嫔妃捏碎睾丸而死，未免太惨，所以改写成了是被多尔衮刺死。（图1、图2）
后来多尔衮感念大玉儿和他共患难的奸情，所以把皇位让给了大玉儿六岁的儿子福临，也就是顺治皇帝。多尔衮自称皇父摄政王，正式娶了大玉儿为妻，死后又被追谥为成宗义皇帝，这就是清代历史上被百般掩盖的太后下嫁多尔衮之事。清初张苍水的诗中有：“上寿称为合卺樽，慈宁宫里烂盈门；春宫昨进新仪注，大礼恭逢太后婚”。