现代学术界对太平天国运动的评价众说纷纭褒贬不一。
有人认为贬大于褒，原因有其政权未能跳出封建专治，属于为未成功的改朝换代；通过拜上帝教等迷信方式处理政治斗争缺乏科学引导；对传统文化的过度破坏使其失去了知识分子的支持；在政权后期统治阶级贪图享乐违背理想与初心等等。也有人认为褒大于贬，原因有其思想与理想尝试构建大同社会（天下多男人，尽是兄弟之辈；天下多女子，尽是姊妹之群）和绝对平权主义（有田同耕、有饭同食、有衣同穿、有钱同使）；对封建意识形态的巨大冲击，一定程度上带来了思想解放（改造后的基督教理念强烈的抨击了传统的旧观念）；《天朝田亩制度》和“圣库制度”的提出是长久封建社会的一次伟大创新，其部分的实施使得太平天国运动在初期的组织能力超越了腐败低效的清政权，让清廷和西方观察家大为震惊。
太平天国运动的失败归咎于理想过于超前和空想，脱离了小农经济的社会基础，导致在实践中被迅速异化；在政治上争夺权利，无法制止和克制领导集团自身腐败现象的滋生；在军事上战略失误未联合其他反清势力形成同盟；在思想上拜上帝教教义并不能正确指导斗争，给农民战争带来了危害；在文化上不能正确对待“儒学”，先是全盘否定，再是删改后利用但原封保留其封建伦理纲常原则；对外拒绝承认不平等条约，但不能把西方侵略者与人民群众区别开来。
太平天国是一场披着宗教外衣、旧式农民战争的最高峰，同时也蕴含着指向未来的，微弱的近代革命曙光。它的超越性使其在中国思想史上占据了一席之地，激励后来的革命者，它的局限性则如同一面镜子，昭示了单纯依靠农民阶级和落后的思想理论，无法完成社会变革的历史任务。正是这种巨大的矛盾性，使得它成为中国近代史从传统农民战争向旧民主主义革命过渡的一个关键节点。
最后，无论学术界怎么争执其利弊关系，双方都赞同的一点是：太平天国虽然不是一场自觉的、彻底的资产阶级民主革命意义上的反帝反封建运动，但它依然自发的、不彻底的、客观的承担了反帝反封建的历史任务。