你说的大部分没错，第一部止水确实被找到了尸体，眼睛也是没有丢失的，因为止水只失踪了一天，警卫部就确定他是投河而亡了，绝对是发现了止水尸体并验证了死因才这样说，这跟疾风传里说的没有找到止水的尸体相冲突。
不过也可能存放在宇智波警卫部的止水尸体连同被图鲨的宇智波一族一起被木叶秘密收走，所以兜找不到止水遗体。
只有一个小问题，止水的遗书不是在鼬那里，应该是在投河的地点附近，被警卫部找到了。

还有一个小问题，第一部虽然确实没提到宇智波止水开了万花筒写轮眼，但鼬说的是如果佐助能学会万花筒写轮眼，那这世上开万花筒的就有三人了，第一个肯定是斑没错，鼬佐是剩下的两个人，这个措辞非常微妙，说的是“这世上”，那么也可以说死去的不算，岸本老贼这是给自己留了自圆其说的退路啊。

有必要。
再补充一点，止水的「别天神」是设定非常别扭瞳术。雾隐村的青知晓止水的瞳术能无意识入侵他人大脑，但是剧中三代和富岳却从未提防这一点，对止水的死亡没那么在意。尤其富岳已经决定反叛，那么止水的万花筒对他来说是胜负关键，不惜代价都应该确定止水写轮眼的下落。
一个可能性，止水本没有万花筒，所以宇智波灭族相关剧情里「别天神」与止水万花筒从未发挥实际作用，以免更难圆回来剧情。后续故事里「别天神」最的大价值是强行转折故事，团藏的「别天神」控三船毫无意义，只是给团藏抹黑灰。