全国优秀博士论文从1999年起评选，到2013年结束，期间每年进行一次，每次评选出的全国优秀博士学位论文不超过100篇。获奖数量可以反应高校的博士生培养质量
河南省获奖情况如下（不统计提名奖）：
郑州大学：1篇优秀论文（2012）：《具有N-Peakon的新可积模型与孤子方程的代数几何解》数学博士生薛波，导师耿献国教授
河南师范大学：1篇优秀论文（2012）：《b→s无粲衰变唯象研究及新物理探索》物理学博士生常钦，导师杨亚东教授
这也是河南历史上唯二获得的全国优秀博士学位论文。薛波留校后获国自然优青基金资助，曾任郑州大学数学统计学院院长，现任河南大学副校长；常钦留校后入选教育部青年长江学者奖励计划，现任河南师范大学物理学院副院长