EVA原版（tv＋两旧剧场版）有大量留白空间和剧情细节没有讲仔细，这也是他的意识流魅力之一，让每个人都可以有自己的看法和阅读理解，以下我将叙述一下我自己经过思考与逻辑推理（参考结合了很多人很多评论的观点）。各种不同的推理与论点都没有对错之分，这也是作者们创作EVA的主旨之一，希望看EVA的每个人都接受自己内心和本身的不完美，勇敢乐观的去面对社会，面对社交的每个人，因为就是因为有“心之壁”，人类社会和人类文明才会多姿多彩和勃勃生机。开始解读：
首先，EVA世界观下是有神的，可能是高维生物。亚当和莉莉丝都是上帝创造的，分别拥有生命之果（强大力量）和智慧之果（高级思维），长得基本一样。
40亿年前，白月陨石坠落地球带来死海文书（类似于高维存在对地球历史的走向预言，启示录）和朗基努斯之枪（能作为创世钥匙的神器也可以突破at立场杀死使徒）和亚当（第一使徒），亚当创造了3-16使徒，这些使徒都具备生命之果的
力量（人类命名为s2机关）。
随后黑月陨石坠落带来莉莉丝（第二使徒），莉莉丝与亚当产生第一次冲击（生命之果结合智慧之果），莉莉丝用朗基努斯之枪创造世界和各种生命，用自身流出的lcl液体（原始生命电解质流体）创造了18使徒Lilin人类，每个人类具备智慧之果力量。除了人类这个特殊使徒之外所有使徒进入休眠。创世结束，莉莉丝，亚当，朗基努斯之枪分开。
中世纪的某些人类组织发现了死海古书和朗基努斯之枪，得知了世界的真相，他们得知后来亚当和莉莉丝都会苏醒重新启动创世神之力改变地球。并且他们觉得人类社会逐渐绝望化，各种争端乃至上升至战争都是因为人心隔阂和冲突产生。想通过掌握神之力，把所有人类的心之壁打破，融合回归于lcl之海（带着灵魂）实现人类永恒，并且人人之间没有隔阂，毕竟你我不分，心灵交融。这就是人类补完计划。因此成立了seele组织。
seele组织就是联合国组织幕后的操纵者，nerv本质也是seele台前负责听命令做事的组织。
2000年seele在南极发现了白月和沉睡亚当，做实验把人类基因注入亚当体内，因此引发第二次冲击（智慧之果结合生命之果），亚当苏醒，也诞生了17人形态使徒渚薰。因为实现补完计划必须要以人类的意识指导创世，因此seele用朗基努斯之枪压制亚当，引发巨大爆炸，亚当肉体被消灭还原成卵。灵魂后来被安装在了渚薰身上。
后来按古书在新东京发现了黑月和莉莉丝至此补完计划能初步启动，以莉莉丝肉体制作出EVA初号机、零号机、二号机。EVA都仅仅是对第二使徒肉体的copy，不具备生命之果与智慧之果的力量，因此需要电和带有智慧之果力量的人类来开动。心之壁越薄的人越能和EVA达成高同步率但是也容易被吞噬和弱at立场，心之壁过厚也无法同步和开动。
因为第二次冲击后亚当不完整了，因此使徒逐渐被本能唤醒并前往与亚当接触重现完整亚当，这解释为什么3-16使徒会往新东京nerv总部进发，因为莉莉丝与亚当同源，不近距离无法分辨，而亚当卵形态的呼唤力没有完整莉莉丝强。因为使徒与莉莉丝接触也会产生第三次冲击（莉莉丝苏醒并启动创世之力），所以必须消灭所有使徒。渚薰被seele骗去nerv地下送人头特殊在于他只有亚当灵魂和人类肉身（智慧之果），没有s2机关无法与莉莉丝产生冲击。
啶司令是想自己成为神复活妻子的，因此他后期移植亚当肉体在自己的手，并将莉莉丝灵魂安装于唯克隆体身上（绫波丽诞生），与绫波丽（莉莉丝）培养感情。因为可以自己（亚当肉体）＋莉莉丝产生第三次冲击，命令莉莉丝（也就是绫波丽）用朗基努斯之枪使用神之力复活唯。
但是绫波丽（莉莉丝）被啶真嗣攻略了，喜欢啶且后期产生人类情感后明白了司令只是想操控自己。回归了本体并苏醒（之前朗基努斯之枪拔出来后的莉莉丝肉体没有灵魂）。外面的seele本来操控用亚当肉体和从使徒样本身回收的s2机关做出来的量产机（盗版亚当）与初号机（盗版莉莉丝）出发三冲并操控盗版亚当实现补完。但是后面完全体苏醒莉莉丝（绫波丽）从基地出来与初号机接触拿走了神力使用权。使补完之后真嗣在lcl之海还有选择权力，因为绫波丽（莉莉丝）喜欢真嗣，渚薰（亚当）也喜欢真嗣。
真嗣最后还是没有逃避，也给所有地球人每人一个选择，有强烈欲望的人可以自我意念重塑肉身做回本身个体，这也是最后和明日香海滩并排躺的原因，明日香在EVA二号机里就给自己的心理补完了，然后lcl之海也和真嗣互通心意，因此肯定选择做回真实的个体本身。