跨线直通车占用城际间隔，清算上无论按列算还是周转量还是客票收入算，都有利于增加城际收入降低本线的经营压力。这个角度看广铁对城际有补贴。
例如广珠长珠潭广深城际都有跨线及直通列车而提高了城际收益。
如果城际系统不跑跨线长途，收益会受很大影响，地方实有需要以另一种方式使城际能持续经营，包括提供现金补贴确保城际有合理回报，或针对通勤目的对特殊运输项目，例如依据通勤客票数量提供高额奬励，提高营运单位积极性。