建武三年一月，为应对西进的足利尊氏，官军重振旗鼓，新田义贞率军守卫淀大渡。大渡的战斗从八日的黄昏开始，一直持续到十日。
『太平记』中对此战的记载如下，宫方首先对足利军进行挑衅，由于淀川上的桥梁已经被破坏，所以足利方的前队高师直指挥军士准备了大量的筏子，并配以弓箭手的掩护，然后开始强渡淀川。当足利军划到河面中央时，却发现乘坐的筏子难以移动，原来宫方事先在河中钉下了很多参差不齐的桩子，在筏子上五百名足利军士很不幸的全部被射死。后来，在激战中足利军的勇士野木赖玄只身渡河成功，但跟进接应的来自三河、远江、美浓、尾张的一千余人仍然被宫方射退，其中大部分人都溺水身亡。
之后由于山崎被敌军攻破，官军不得不进行撤退，新田义贞命嫡子新田越后守义显率三千人担任殿军进行死战，同时义贞率义助等一族三十余人及千葉、宇都宫、仁科、高梨、菊池等新田氏之外的有力武士八十余人率军二万保护后醍醐撤往东坂本。

十五日，北畠显家及东山道的援军到达东坂本。（忽那一族军忠次第 尊卑分脉 近江兴地志略）
十六日拂晓，新田义贞、北畠显家及比叡山僧徒向三井寺的细川定禅发动突袭，新田义贞有效的压制了足利军的反击，将细川定禅赶出了三井寺，其后攻入寺内，还将寺院放火烧毁。（日御崎社文书 池田文书 真乘院文书 和田文书）
此后新田义贞率军追击细川军，而足利方听说宫方开始进攻三井寺，足利尊氏与其弟足利直义一起率大军前来增援，二人行至二条河原，便得知细川定禅已经兵败，于是足利大军在上起纠之森，下至七条河原一线开始布阵，等待新田义贞。十六日正午，新田义贞一路追杀细川定禅至粟田口十禅寺一带，迎面撞上早已在此等候多时的足利军，展开了一场激战，下午六时左右，新田义贞率军退到鹿谷山。（朽木古文书 黄微古简集 吉川家什书 毛利文书）

二十七日，官军发动总攻，新田兄弟率两万多人自双林寺出击，占领了二条河原，由足利军的侧面攻进了京都，京都被夺走的足利军大乱，而后新田义贞单枪匹马在乱军之中寻找足利尊氏，但却未能如愿。按《梅松论》细川定禅在二条河原至四条一带与新田义贞遭遇。凭借高涨的士气，细川定禅、显氏在此成功的击败了新田义贞，迫使其退至粟田口、苦集灭路。然而此记载与后来新田义贞攻入京都有所冲突，恐怕夸大战果或是虚构此事。二十八日至三十日，两方陆续进行作战，但士气低落的足利军最后选择退出京都。

二月十一日，向西逃至摄津兵库的足利尊氏决定再次攻入京都，新田义贞与北畠显家作为主力，正面与足利家交战。十二日，足利尊氏撤往兵库（梅松论 真乘院文书 萩藩阅伐录 入江文书 多田院文书 河野土居系图）

为追击足利尊氏，建武三年三月六日，新田义贞从京都前往播磨，不久就将赤松则村的部队逼至斑鸠驿站。然而赤松则村假意投降，借机修缮了城池。后来，新田义贞派出的军队在白旗城外围攻五十余日。胁屋义助认为，应分兵平定备前和备中的叛乱，拉拢安艺、周防和长门的势力。新田义贞同意了胁屋义助的建议，立刻派遣胁屋义助跟随顿宫六郎前往船坂山。
足利尊氏得到整顿的时间后开始东征，建武三年五月十八日，海陆军队共同击败了三石和播磨等地的新田军，新田军弃城逃走，一直退至兵库。
足利氏军队分三路分别从山路、须磨口和海路向敌军出击，海军击退守在生田森的新田军。

建武三年六月，宫方退守比叡山，足利军围攻不利，一时退往京都，三十日新田义贞和名和长年等人从内野攻入东寺，在猪熊遭到足利氏军队的反击后撤退。
八月二十三日，足利氏军队在阿弥陀峰陷入苦战，战线从比叡山延续至鞍马口。新田义贞的主力部队沿西坂本出发，在纠河原与敌军展开激战
九月中旬，新田义贞和胁屋义助率领大军穿越湖泊，进攻小笠原贞宗，后战败。
十月十日，因后醍醐投降，新田义贞逃至越前。

逃往越前的新田义贞占据金崎城进行防守，建武四年三月七日，在足利氏大军围攻多月后，金崎城陷落，足利家派遣斯波高经对付新田残军，在建武五年二月新田义贞成功击破斯波高经，攻略越前国府，四月，新田义贞重夺金崎城，丢失金崎城的幕府，派遣若狭守护斯波家兼与近江守护佐佐木高氏等将领率军进攻义贞部队。自美浓国青野原转战至近江国内的朽木赖氏，于四月底经荒地中山关抵达疋田，随即加入对金崎城的围攻（史料二 内阁 朽木家古文书四号）。然城池久攻不克，且越前国内义贞军的活跃程度有增无减，幕府遂于五月调遣土岐赖贞进军越前试图扭转战局（据《熊谷家文书》记载），但收效甚微。然而于闰七月，新田义贞为救援藤岛城将士，在路上遇到敌军，由于寡不敌众而战死。

新田义贞应是南朝战绩最多，与足利尊氏对峙最久的将领，只要不面对足利尊氏，可以说是罕有败绩，在越前引动多位足利家地方军团围攻尚能游刃有余，虽然最后死的很耻辱，但也堪称南北朝首屈一指的勇将