爬行动物中种类最多的是鬣鳞蜥，与旧大陆的鬣蜥外表相似，但分布基本局限于美洲，只有少数分布于马达加斯加岛和太平洋的一些岛屿。鬣鳞蜥中最著名的当属分布于加拉帕哥斯群岛的海鬣蜥，这是现存仅有的半海生蜥蜴。新大陆没有巨蜥，但是有些美洲蜥蜴如双领蜥起到类似巨蜥的生态地位，只是尚不及大型的巨蜥体型巨大。蜥蜴类的最大一科石龙子科在美洲则种类不多。蜥热带界是蚓蜥类的两个分布中心之一，另一个分布中心在非洲，这可能显示了蚓蜥类是冈瓦那起源的动物类型。蛇类中最著名的当属绿水蟒（森蚺），这是世界上最重的蛇，甚至可以捕食宽吻鳄。新热带界的蟒科均属于蚺亚科，除了绿水蟒之外，另有一种黄水蟒，虽属大型蛇类，但比绿水蟒小很多，而南美洲更著名的大型蛇类是红尾蚺，其分布广泛，色型多样，常被当作宠物。除了这三种之外，其它的蚺蛇均体型较小。新热带界还有其它几类原始蛇类，如筒蛇科和林蚺科。新热带界的盲蛇类种类也不少。毒蛇中以包括响尾蛇在内的各种蝮蛇为代表，其中巨蝮是最重的毒蛇之一，其它的毒蛇有以珊瑚蛇为代表的眼镜蛇科成员，但是与蝮蛇接近的蝰蛇不出现于新大陆。新热带界的不少蛇和蜥蜴类型也可见于新北界，比如一些响尾蛇和珊瑚蛇。新热带界的鳄科中没有长吻鳄亚科的成员，但是以几种宽吻鳄（眼镜鳄，凯门鳄）为代表的短吻鳄亚科的种类远比其它地区要丰富很多，除了北美的密西西比鳄和中国的扬子鳄之外，这类的全部种类均限于新热带界，其中体型最大的黑凯门鳄属于拉丁美洲最凶猛的大型肉食动物之列。鳄亚科的种类也不少，不过分布更集中在新热带界北部，不及短吻鳄亚科繁盛。龟鳖目的种类也很多，其中具有冈瓦那特色的侧颈龟亚目的两个科均有分布，而本亚目的另外两个分布区大洋洲和非洲则均只有其中的一科。曲颈龟亚目的种类也很多，其中新热带界北部是龟鳖类种类最多的地区之一，有些类型和新北界所共有，但是新热带界南部则并不繁盛。总体来说，新热带界是爬行动物种类最多的地区之一，其中很多类型和新北界有较大的共性，而与新北界相邻的新热带界北部的爬行动物的多样性要强于新热带界南部。

蟒蚺科：森蚺（绿水蟒）Eunectes murinus

   蟒蚺科：红尾蚺 Boa constrictor

蟒蚺科：翡翠树蚺 Corallus caninus

    林蚺科：格氏林蚺 Tropidophis greenwayi

筒蛇科：筒蛇 Anilius scytale

美洲闪鳞蛇科：美洲闪鳞蛇（墨西哥穴蟒）Loxocemus bicolor

眼镜蛇科：贝伦珊瑚蛇 Micrurus lemniscatus

    蚓蜥科：红蚓蜥 Amphisbaena alba

美洲蜥蜴科：闪光蜥 Dracaena guianensis

美洲蜥蜴科：双领蜥 Tupinambis teguixin

海帆蜥科：双冠蜥 Basiliscus basiliscus

变色蜥科：双歧变色蜥 Anolis distichus