军事是一项系统科学，很复杂也很简单，复杂的是涉及到方方面面，缺一不可；简单是能做到足兵足粮，就有不小的胜算。有云“无粮不聚兵”，谁有吃不完的粮食，谁有白花花的银子，谁就有了招兵买马的前提。道理简单，可做起来很难。毕竟没有粮是大风刮来的，没有不要成本的银子。
明朝进入万历后期，从中央到地方，从内地到边疆都面临财政不足的问题。辽东战争开始后，议兵议饷是同步进行的，而调兵、募兵、用兵在要钱，归根到底还是钱粮的问题。内地督抚对农民军作战不力，往往也是由于兵饷不足导致兵额不足，实际实力远远低于书面实力，结果一次比一次不利，甚至直接哗变，昨天的士兵成为今天的敌人。这种情况下，战局自然是江河日下。
孙传庭在一定程度上解决了这个问题。进入陕西后，孙传庭开始了他的“清军清屯”事业。这是巡抚的主抓业务之一，各级设有清军官员，如清理兵源和屯田的御史，以往各级官吏在报告中主要说成绩，以自己的统计口径上报，总是年年有进展，甚至还突出自己的典型做法。

当然，成绩是有一些的，问题是更多的。但权力和使用权力的差别，责任与尽职的不同，是一般官员与名臣的区别。孙传庭并未按照惯例来，实打实筹划一年多，有了实打实的主意（筹度逾年，确有主见），开始强力推行。几个月的时间，效果就显现出来了。
刚到任时，西安四卫竟然凑不出1200名守城门的兵，这是前任巡抚“望贼兴叹”的重要原因，现在清理出营兵近万名，修工兵2000多名，并分营训练，修工兵开始修缮省会。
之前西安四卫是拿不起巡抚直辖部队的军饷，现在三卫就清理出了近15万两银子，右卫清理出麦米豆1万多石，这还不是全部数量。按照朝廷最新的作战部队饷银标准，够一万战斗部队的薪饷了。
如果说“货币+信用”的金融炼金术是现代国家的动员方式，那么“耕+战”就是传统社会的动员力。孙传庭的一番操作，凭空出来万余名士兵，以及这么多人一年多的饷银。朝廷没出一分钱，只是清理地方积弊就解决了兵饷问题，实现了“以秦兵卫秦地，以秦饷养秦兵”的目标。

孙传庭在给皇帝的汇报中自豪地讲：“金盈於帑，粟充於庾，目前可支繁匮之军兴，在后日可禆富强之永计”。显然他认为这是治本之道。说的很实在：“必军粮渐如原额，乃能渐复先朝富强之盛”，并承诺以后用兵不用惊扰皇帝，可以“永宽圣明西顾之虑”。
孙传庭自己也认识到，这是部分恢复祖制，即部分做到卫所可以提供兵和粮。当这项工作全面完成时，就可以做到兵粮充足了。显然，从技术层面而言，这是一项非常好的政策，值得推广。但政治上，这是一项阻力非常大的方案，比如同是名臣的卢象升只提到建立累进税、建立模范督标、略调整卫所，而绝口不提渐如原额，其中难度可想而知。
当然，孙传庭不是不知道这里的困难。他就明确讲过：“权贵、豪强、衙役、学劣与各种奸徒，诡计阻挠”，“贻国家以单弱，此其为人毒犹逾于流贼，而奸更甚于细作”。孙传庭直接将侵吞卫所田的权贵、豪强、衙门官员、学士等定性为比农民军与奸细还危险的敌人。

崇祯早期，农民军的规模和战斗力、正规化程度还比较低，有洪承畴的三万多野战部队和孙传庭的一万多有战斗力的地方部队，已经足够维系一省或数省的安宁。但当战争规模扩大，孙传庭要做的力度需要更大，阻力会更大。
随后的一年多里，孙传庭在战场上一个胜利接一个胜利，陕西地面越来越平静，军队也越来越能打。虽然和内阁大学士、兵部尚书杨嗣昌在“剿饷”问题上多有争论，秦地的士大夫精英一如既往地不喜欢孙传庭，不过没反对过皇帝既定政策，也一直有政绩，也就暂时稳稳当当。李自成在潼关惨败后，带领数十人在商洛山中东躲西藏，甚至一度想要自杀、狼狈至极。
但是到1638年秋，清军入关后，杨嗣昌紧急调动的近十万边军不敢作战，随着清军深入腹地，明军顾此失彼。朝廷决定调关内精锐的“西兵”支援北方战线，洪承畴、孙传庭相继率领最能打的精锐部队进京。在与清军作战中，孙传庭也取得一定的战果。
清军出关后，朝廷拟以这支西兵精锐守卫京畿，洪承畴担任蓟辽总督，孙传庭担任保定总督。按一般官场原则，朝廷重视，更加位高权重，上任即可；但按照实际，西兵离乡容易军心不稳，且影响关内形势。孙传庭直接提出自己的意见，不同意朝廷的决定。如果是否定杨嗣昌，还有缓和的余地，但现在否定皇帝的决定，加上孙传庭之前铁腕整顿秦地的积怨前科，结果就是直接下狱。

孙传庭和李自成，一个在监狱吃苦，一个在山中躲避，曾经的叱咤风云都变成了落魄儿郎。不一样的是，随着关内能打的部队调往北边，李自成周围的网越来越松，河南大灾与明朝的苛政让老百姓实在吃不上饭了。变化的环境，让李自成只要喊出不用纳粮，就会有支持者；开仓放粮，就会应者云集。李自成的实力迅速壮大。
在河南，李自成不仅不用在意权贵、官吏等人的态度和言论，相反他们的全部财富都是自己潜在的军饷；也不用汲取普通民众的钱粮，相反不仅能免他们的税赋，甚至可以给予一定的福利。反观孙传庭无法减轻民众税赋，给予福利更是不可能，至于动权贵豪强的非法收入都阻力重重，合法收入就别提了。孙传庭和李自成各地的增量空间和难度系数区别越来越大。
一升一降、斗转星移、优劣明显。战争是一场极限竞技，谁能更深入动员，谁就更接近成功。从这点看，李自成太接近了。这时候，李自成的部队在动员潜力上已经全面超过孙传庭，在军队的正规化和组合度上还暂时不如。
不过这点不足，时间会弥补。
1641年9月，三边总督傅宗龙与保定总督杨文岳合兵新蔡，全军约四万人。之后李罗（李自成与罗汝才）联军采取后退决战的作战方略击败明军，傅宗龙死，杨文岳困项城。

12月，联军二打开封。左良玉两次与联军作战不利。
1642年1月，三边总督汪乔年率兵三湾出关，明军配合不力战败，汪乔年死。联军威震河洛。这一时期，孙传庭从监狱出来，任兵部右侍郎、总督京营，奉命救援开封，在汪乔年死后，总督三边军务。
1642年4月，联军三打开封。
7月，丁启睿率左良玉等四镇兵与联军作战，此战明军近十万人，联军十余万，骑兵更强。明军失先机，撤退成为溃败，惨败。
9月，水淹开封，三战开封结束。
在围绕开封的作战中，联军显示出自身的机动优势，而且将领擅长指挥，进退有据，相比于文官领军的明军更有优势。更重要的是联军已经具备和明军正面决战的能力，可以说不是明军剿“寇”，而是农民军“剿”兵。
形势的巨大变化，在陕西的孙传庭已经认清形势，“精锐五千”可以荡平的时代已经过去。在4月份，孙传庭向崇祯请饷百万，再练兵两万；随后又申述招募的新兵训练尚有不足，还不能打仗，需要一段时间训练。但崇祯没有认识到形势的变化，先是申饬、再是催促进攻。

10月份，孙传庭兵至南阳，战前天下大雨，明军后勤跟不上，前线士兵只能采柿子充饥。在战场上，明军初战取胜，但随着罗汝才的骑兵从背后杀入，战局急转直下，明军败退。
此战，明军士兵被杀数千，阵亡将校78人，相对于中原几次会战，损失不多，否则事后孙传庭上疏自我弹劾，崇祯也不会责令立功自赎。此战也让孙传庭彻底见识到了联军的实力，也看到了自身的不足。要击败李自成，在财力和兵力上都要下大功夫，道理很简单，落实很困难。
战场的历练与战争潜力的挖掘，让李自成在作战中更加游刃有余。监狱的磨砺与战争潜力的困境，让孙传庭在行事中更加熟悉官场规则。
孙传庭回到陕西，一方面加强陕西防御，一方面开始了总动员：招募士兵，三家要出一个壮丁，或者出钱用来招募兵丁；继续清屯，筹集饷银；制造新式装备——火车，战时可以防御骑兵，平时可以环地成营。动员力度非常大，史载“督工苛急，夜以继日”。
这次孙传庭也不再像之前那样直白，积极给予皇帝信心。在大学士吴甡的回忆中，孙传庭给崇祯讲自己的部队很强悍，一月即可平定李自成，而且地方有间谍，大兵一到即为内应。一改说实话的风格，这时的孙传庭也掌握了崇祯爱听什么话，自然讨得崇祯喜欢。1643年5月，朝命孙传庭兼河南、四川军务，很快改称督师，加督山西、湖广、贵州及江南、北军务。一个人主持了对农民军的作战，协调的资源和地区进一步扩大。

中枢暂时的支持，协调督帅的区域增多，到7月份，孙传庭在关中已经有十多万部队，看上去具备决战的实力。明眼人知道他的实力：“传庭军多乌合，所制衣甲器械，皆敛之民间，秦父老怨之至骨”，但是，时间紧，任务重，“传庭复驱之出战”，但他自己是清楚的，他对幕僚讲道：“我的部队刚刚集结起来，如果有时间训练，等到李自成部队缺乏粮食的时候，乘势攻击可以取得胜利。”罗汝才的外甥来降后证实了这个判断。不过这不能对上面和下面说。
李自成方面，同样没有闲下来。占领河南后，向荆襄一带作战，获得广大地域。几次作战中，农民军的攻坚、野战、机动都有很大提高。如果柿园之战罗汝才按兵不动，战局就败了。
在襄阳，李自成对部队进行整编，确立五营营制，马步兵总计6万，马兵每队五十，步兵每队50-100人，并在广大区域建立政权。李自成与罗汝才“纵横天下”理念的矛盾愈发不可调和，最后以诛杀罗汝才实现内部统一。统一各营后，李自成进一步厘定军制，设立各级军职，全军令行禁止。部队装备升级，“制绵甲，厚百成，矢炮不能入”，还设立了骑兵部队，军队纪律等都有提高。军队的正规化取得很大进展，并在5月轻松歼灭明军一部。

双方都在紧锣密鼓地加强战备。从战略上讲，明军南北有两个重兵集团：孙传庭的关中部队、左良玉的东南部队，对农民军呈南北夹击之势。另外郧阳还在明军手中，影响农民军的侧翼安全，理论上明军战略形势更好。
不过，随着农民军完成内部整合，指挥更加得力。况且整个河南地区遭到战争破坏、蓬蒿满路、鸡犬无音，大军行军作战容易面临后勤不足。李自成和孙传庭对此认识均比较深刻。
但孙传庭在陕西的作为，得罪了陕西民众，尤其是陕西的士大夫。捐资助饷让士大夫苦不堪言，多到京师言“督师玩寇糜饷”，地方官员也多次上书催战。另一面，朝廷对战守也形成两派观点，多数希望速战速决，认为“不战则贼益张，兵久易懦”，这也符合皇帝的心思，少数认为此举关系天下安危，应谨慎从事。崇祯最终决定“博之孤注，侥幸于不可知之两阵间”。
同一时间，不肯南下督师的前大学士吴甡被逮赴京师，显然孙传庭是很容易收到这类信息的。君不见西市故事，决定了卢象升的结局；大丈夫岂可再对狱吏，决定了孙传庭的选择。
你是对的，但里外都是压力，何不孤注一掷呢？等待时机也是不可取的，孙传庭选择了主动出兵决战。

在出兵后，军事上的压力并不大，洛阳等城池迅速取得。只是后勤上的压力太大，虽然山西等地供饷已经到了极限，逼死人的现象常有发生，可依然面临征发和运输上的不足。
随着战线进一步向南，双方在郏县一带对峙。大雨七日不停，后勤几近中断；天放晴后，粮道被李自成的骑兵截断，只能后退以就粮，自古以来撤退是最难的。先是殿后部队溃散，继则是与农民军作战不力，全军瓦解，阵亡四万余人。
至此，明末最后一支战略力量消失。
经过百年发展，明朝的官僚、勋贵、宗藩阶层积累了大量的财富，而每一次加派粮饷都落到了贫苦百姓身上，贫者愈贫的情况让关内的形势进一步恶化。这时候，孙传庭通过“清军清屯”成为唯一做到了兵精粮足的巡抚。这是正确的路，却也阻力重重，毕竟只有“破山中贼易”，可“敌在本能寺”。
孙传庭恨的，李自成也恨，不一样的是，孙传庭做不到的李自成可以做到。人心就是粮食和兵源，李自成输了还可以再来，孙传庭不可以。内部压力让孙传庭只能主动决战。赢了这一次，还有秦中士大夫的不满等着。“传庭死，大明亡”，传庭战场不死，则会死在战场之外，明末局势在政治上无解。
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