看下来就只有一个感觉，那就是保科被过去的自己牛了，这一段完全就像个三流恋爱小说作家写出来的糟糕剧情，真不知道柚子社这块是怎么想的，严重怀疑是剧情圆不上了干脆推翻重做。明明二周目的内容应该衔接一周目的末尾才是。但凡改成班上新来了个叫绫地宁宁转校生都比莫名其妙的开启二周目强，我在下面写一下我个人比较认可的二周目内容，轻点喷。
剧情衔接二周目开头，在被魔法修改过的时间线中，宁宁在穿越回去后过了数年，再次考上姬松学院，然后按照按照一周目的记忆努力确保过程不出错，这部分就此打住，接着换到保科视角。剧情一开始，考虑到保科一直不会拒绝他人请求，为他着想的两个哥们给出了个方法：加入那个一直没人的超自然研究社，这样就有以社团活动为由拒绝别人的条件。
架不住两位的一再要求，保科最后选择加入无人的社团并成为了社长（期间通过广东双马尾学姐的口中得知社团本来早该在上个学期停办，但领导考虑可能还会有人想要加入于是决定保留到新学期开学后一个月，届时如果无人加入便停办）。
也许是巧合或者别的什么原因，保科选择在社团钻研占卜，而且出乎意料地拥有这方面的天赋（魔女血脉发力了），在第一次为自己占卜时得到的启示是要利用占卜去帮助他人（占卜的内容是该怎么改变自己现在的情况），于是便委托两位哥们（两人自然是无语，但既然占卜这么说就姑且信一下），将这事宣传出去，于是渐渐的开始有一些人来找保科帮忙，在为他人帮忙的过程中收获了他人真心的感谢，心灵空洞开始缓缓填充，并在这个过程中结识美咕噜与，并帮助了为学生会发愁的学姐，三人加入社团。
在开办社团期间，保科的心灵空洞开始缩小，直至消失。在某一日，他突然有了种奇妙的感觉（一周目和宁宁确定关系的日子），宁宁在这时按耐不住，开始小心的接触他（通过来社团寻求帮助），心灵修复的保科自然被宁宁吸引，但关系并未更进一步，两人一直处于一种这种的状态。
由于愿望的局限性，魔法并未修复每一处不合理的地方，于是在某一天，当四人来到社团，莫名发现了贴在柜子上的保科单人照，接下来剧情便回到了一周目末尾，不过当海道秀明在说给保科办联谊时，一直偷偷跟踪保科的宁宁此时假装路过，与保科对视一眼后便回家开始制定计划，最后和保科重新在一起，那颗碎片也补齐了保科心灵上的最后一块空洞，于是皆大欢喜。（至于为什么能感知情感的保科没有察觉到宁宁的跟踪，这里可以理解为宁宁那里的那颗心灵碎片在一定程度上起到了屏蔽保科感知的作用）