搜了一下发现2004年的《魔法少女奈叶》就有这种设定了，不过管理机构是时空管理局这种东西

印象中应该更早吧，并且这两本一本文库一卷腰斩，一本根本没文库，很难说引起流行

我第一次看到类似的设定应该是魔法少女禁止法

最早看这种设定的是小圆的同人《飞向星空》，虽然冷门，但是其中有关魔法少女行会MSY的设定，我认为非常优秀:泷原市的魔法少女们创立了一个地方性互助组织。核心目的是建立悲叹魔方保险库，平抑各小队间的资源波动，并约定在遭遇外部威胁时相互支援。然而，其空前的成功——得益于丰厚的资源和商业盈利——反而成了催化剂。成员寿命显著延长，队伍规模急剧扩张，带来了错综复杂的社会管理难题。为此行会成立了诸多下属执行组织:最早成立的是灵魂卫队，它从巴麻美的一支精英小队转型为正式的内部警察力量，负责镇压疯狂的同僚和执行组织意志。随着灵魂卫队证明她们可以活捉而非击杀疯狂的魔法少女，行会建立了正式的审判法庭，由随机抽选的成员、法官和心灵感应者组成陪审团。领导委员会被正式赋予权力，成立各类下属机构来处理特定事务。其中最典型的是心理卫生部，它远不止是一个医院，而是一个致力于解决魔法少女特有的心理健康问题、进行罪犯康复和心理干预的专业部门。
在成功统一日本并建立起一套成熟的官僚体系后，MSY的扩张欲望与内部意识形态共同催生了 “昭昭天命” 。这种观念认为，MSY不仅有能力，更有道德义务将其成功的模式推广至全球，庇护所有魔法少女，终结其悲惨的命运。这种源于自信与优越感的使命感，为其无止境的扩张提供了正当理由。然而，在统一全球的魔法少女后，极度的财富和永生使许多成员沦为“超产阶级”，与普通人类隔绝，产生了“魔法少女优先”的狭隘思想，认为拯救世界并非己任。MSY高度联邦化的民主结构使得组织无法在救助全球贫困等问题上达成统一行动，内部凝聚力大幅下降。
MSY最终被强行卷入了不可避免的世界大战。支持自由联盟（FA）的MSY成员实施导致大量新手魔法少女死亡的“圣彼得堡大屠杀”，越过了最终红线。MSY召开全体会议，对FA派下达最后通牒，并在通牒被拒绝后，投票决定主动参战。它动用了其庞大的秘密行动部门和所有资源，全力支持联合阵线（UF）。在FA瓦解之际，MSY于废墟狩猎她们曾经的同胞。战后的新政府——执政体带领世界进入了长久的和平与繁荣，直到遭遇外星入侵，MSY参战并暴露在公众视野，之后便是正文的故事。